Das mit der veränderten Bibliothek übersetzte Programm wird nicht auf das rcx-Modul übertragen. Anstatt wird es auf dem Rechner (oder einem kompatiblen) ausgeführt, auf dem es übersetzt wurde. Alle Steuerbefehle für die Ein-/Ausgabekomponenten des rcx-Moduls arbeiten nun so, dass sie schreibende Zugriffe auf der Standardausgabe und lesende Zugriffe auf der Standardeingabe vornehmen. Dabei werden die ursprünglichen Steueranweisungen in Steueranweisungen übersetzt, die für den graphischen Teil des Simulators verarbeitbar sind. Die Syntax der Steueranweisungen ist im Protokoll in Abschnitt 5 beschrieben.
Der Simulator kann in zwei Modi betrieben werden. Im einen werden alle Steueranweisungen für die Ein-/Ausgabekomponenten vom Benutzer eingegeben. Dazu kann er Anweisungen über die Standardeingabe und über klickbare Bereiche (Steuerknöpfe) innerhalb des Java-Applet-Fensters eingeben.
Beim anderen Modus kann man das mit der veränderten Bibliothek übersetzte rcx-Programm an den Simulator koppeln. Dazu gibt es zwei Perl-Skripte, dass die Verbindung der beiden Teile übernimmt. Alle Steueranweisungen des rcx-Programms werden nun nicht auf der Standardausgabe ausgegeben, sondern an den Simulator weitergeleitet, der die Anweisungen dann interpretiert um darauf entsprechend reagieren zu können. Umgekehrt werden alle Ereignisse, die durch den Simulator signalisiert werden, vom rcx-Programm von der Standardeingabe eingelesen und ausgewertet.